O projeto de pesquisa e ensino da UFABC evita a separação muito grande entre as áreas de conhecimento o que, inevitavelmente, levaria à construção de setores estanques. A proposta da Universidade foi abdicar do modelo de divisão departamental e abrir caminho para uma interlocução permanente entre os docentes e discentes, trabalhando de forma interdisciplinar.

O objetivo é promover a formação integral do estudante, por meio da exposição ao estado atual da ciência e a temas de origem humanística e social. Esse modelo acadêmico permite a promoção de um intenso intercâmbio interdisciplinar, tanto na pesquisa como no ensino.

A organização acadêmico-administrativa da UFABC se constitui de centros que retratam as ações de descobrir, sistematizar e inventar. Em uma visão geral, isso compõe o conjunto de atividades presentes na vida universitária em doses um pouco diferentes.

Esse pondo de vista considera que é próprio aos cientistas dedicados a ciências naturais a atração pela descoberta, aos cientistas dedicados à matemática e computação o gosto pelo rigor lógico e aos engenheiros a tarefa de inventar e inovar. Desse modo, os idealizadores da UFABC organizaram a instituição em três áreas de conhecimento:

- Centro de Ciências Naturais e Humanas
- Centro de Matemática, Computação e Cognição
- Centro de Engenharia, Modelagem e Ciências Sociais Aplicadas

Os centros oferecem disciplinas fundamentais para a formação dos estudantes, particularmente aquelas de caráter obrigatório para a obtenção do grau de Bacharel em Ciências e Tecnologia. Eles abrigam o corpo docente da Universidade, totalmente formado por doutores. Essa titulação é uma das exigências dos processos seletivos para ingresso no quadro de professores da UFABC.

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